2002年2月1日,在广州市足协的大力支持下,日之泉集团公司与番禺亿达足球学校联合组成广州日之泉亿达足球俱乐部,以原广州足球二队队员为主,由广州日之泉集团公司总经理林勤先生出任俱乐部董事长兼总经理,昔日的足坛名将“矮脚虎”赵达裕先生出任球队主教练。于同年5月征战全国乙级足球联赛。
2003年，球队在征战全国乙级联赛的同时还参加香港甲级联赛，并在乙级联赛中取得前五名的佳绩。
2004年1月24日，日之泉集团公司成功收购广州足球俱乐部70%股份，正式入主广州足球俱乐部。俱乐部属下有三支球队，包括足球一队（职业队）和足球二队、三队（U19队、U17队）。
足球一任教练由前国家队队员著名的“罚球专家”麦超先生担任。全队以广州藉年轻球员为主，平均年龄不到22岁，参加全国甲级联赛。足球二队参加香港甲级足球联赛，力争取得较好成绩。
广药足球俱乐部由广州白云山制药股份有限公司、广州中一药业有限公司、广州白云山和记黄埔中药有限公司、广州星群药业股份有限公司、广州王老吉药业股份有限公司、广州潘高寿药业股份有限公司、广州白云山侨光制药有限公司、广州奇星药业有限公司、广州白云山光华制药有限公司、广州陈李济药厂、广州白云山明兴制药有限公司、广州白云山何济公制药有限公司、广州敬修堂药业股份有限公司、广州白云山天心制药有限公司共同投资组建，2006年2月25日正式挂牌成立。 公司的决策机构为股东大会，由股东大会推选出董事会，经董事会提名，聘任总经理。经第一次股东大会表决，广药集团董事长、总经理 杨荣明 先生任公司董事长，广药集团副总经理 陈志农 先生、广州市足协秘书长 孔茂胜 先生任副董事长，李楚源、谢彬、温宪文、麦奇杰先生为公司董事，聘任麦奇杰先生为总经理，吴晓东、 杨旭 先生为副总经理。 经中国足球协会批准，公司旗下广州医药足球队获得2006赛季中国足球甲级联赛参赛资格。
广州医药足球队是一支刚成立的年轻、充满活力的队伍，前身为广州白云足球队、广州太阳神足球队等。
在1992年和1994年全国足球联赛中，广州足球队勇夺亚军，是名震中国足球的“华南虎”。同时，广州足球队亦为国家队输送了一大批优秀球员，如：容志行、古广明、赵达裕、吴群立、麦超、彭伟国、孔国贤等。其中容志行成为中国足球的灵魂人物；曾担任过中国国家队队长的吴群立获两届最佳球员“金球奖”；麦超和彭伟国各获一届“金球奖”；胡志军获一届最佳射手“金靴奖”。后期由于广州队新老更替，于1998年降入甲B，一降就是7年。2004年冠名为广州日之泉中一药业足球队，聘请麦超担任主教练，并聘请外籍体能教练及球员，一举夺得甲B联赛第三名，成绩突出!
日前，由实力宏厚的广州医药集团全面接管广州足球俱乐部。冠名广州医药足球队，聘请了原中国国家队主教练戚务生为主教练，拥有国青队员卢琳等一批年轻的技术型球员，队伍年龄结构合理，充满朝气，并将引进高水平内外球员，现已有多名外籍国脚在试训。晋升中超是本队今年的奋斗目标，我们有理由坚信有广药集团先进的管理及营销经验、强大的经济实力作后盾；有以戚务生为首的资深教练班底；有合理配套的技术型队伍，一定能在中甲联赛中创造佳绩，广州足球将迎来新的春天。
